Nel 1951 Biagi aderì al manifesto di Stoccolma contro la bomba atomica e, accusato dal suo editore di "essere un comunista sovversivo", fu allontanato dal Resto del Carlino.

Qualche mese dopo, fu assunto da Arnoldo Mondadori e diventò caporedattore del settimanale Epoca, carica che ricoprì dal 1952 al 1960 trasferendosi per la prima volta a Milano. Dopo qualche mese, ne divenne direttore. Il settimanale attraversava un periodo difficile e nel 1951 si erano alternati alla sua guida ben quattro direttori. Biagi impose un decisivo cambiamento di marcia, con nuove rubriche e una nuova veste editoriale, trasformando Epoca da rivista di pettegolezzi a un giornale impegnato. Sotto la sua direzione, Epoca si impose all'attenzione del grande pubblico grazie ad inchieste e reportage esclusivi, in particolare sul caso Montesi e su papa Pio XII. Nel 1960 tuttavia un articolo sugli scontri di Genova e Reggio Emilia contro il governo Tambroni provocò la reazione dura dello stesso e Biagi fu costretto a dimettersi. Qualche mese dopo fu assunto dalla Stampa come inviato speciale.

Il 1° ottobre 1961 Biagi diventò direttore del Telegiornale, secondo alcuni per accontentare il Partito Socialista Italiano che in quegli anni iniziava con la Democrazia Cristiana l'esperienza del centrosinistra. Biagi fece assumere in RAI alcuni grandi giornalisti italiani come Giorgio Bocca e Indro Montanelli. Ma ben presto arrivarono critiche durissime soprattutto dal PSDI di Giuseppe Saragat e dalla destra, che fece stampare volantini e manifesti con cui accusò Biagi di essere un comunista. Nel 1963 curò la nascita del telegiornale del secondo canale Rai. Nello stesso anno, lanciò RT-Rotocalco Televisivo, il primo settimanale della televisione italiana. Nel 1963 fu costretto a dimettersi.

Ritorna quindi a La Stampa come inviato speciale, scrivendo anche per il Corriere della Sera e per il settimanale L'Europeo. La sua collaborazione con la Rai, riprende nel 1968 quando chiamato dall'allora direttore generale, Ettore Bernabei si lega alla tv di Stato, per la realizzazione di programmi di approfondimento giornalistico. Tra i più seguiti e innovativi: "Dicono di lei" (1969), una serie di interviste a personaggi famosi, tramite frasi, aforismi, aneddotti sulle loro personalità e "Terza B, facciamo l'appello" (1971), in cui personaggi famosi incontravano dei loro ex compagni di classe, amici dell'adolescenza, i primi timidi amori.

Nel 1971, dopo numerose collaborazioni al Corriere della Sera e al settimanale L'Europeo, fu nominato direttore del Resto del Carlino con l'obiettivo di trasformarlo in un quotidiano nazionale. In questo periodo riprese la sua collaborazione con la Rai. Il 30 giugno del 1972 fu allontanato dalla direzione del Resto del Carlino e tornò quindi al Corriere della Sera.

Nel 1975, pur senza lasciare il Corriere, collaborò con l'amico Indro Montanelli alla creazione del Giornale.

Dal 1977 al 1980, ritorna a collaborare stabilmente alla Rai, conducendo "Proibito" programma in prima serata su Rai Due che trattava temi d'attualità. All'interno del programma guida due cicli d'inchieste internazionali denominati "Douce France" (1978) e "Made in England" (1980). Intanto, dopo lo scandalo della P2 lascia il Corriere della Sera e collabora come editorialista con La Repubblica, quotidiano che lascerà nel 1988, quando ritornerà al Corriere.

Nel 1982 conduce la prima serie di "Film Dossier", un programma che attraverso film mirati, punta a coinvolgere lo spettatore, nel 1983, dopo un programma su Rai Tre dedicato ad episodi della seconda guerra mondiale (La guerra e dintorni), inizia a condurre su Rai Uno "Linea Diretta", uno dei suoi programmi più seguiti, che propone l'approfondimento del fatto della settimana, tramite il coinvolgimento dei vari protagonisti. Linea Diretta viene trasmesso fino al 1985. L'anno dopo è la volta di "Spot", un settimanale giornalistico, cui Biagi collabora come intervistatore. Nel 1989 riapre i battenti per un anno Linea Diretta.

Nei primi anni Novanta, realizza sopratutto trasmissioni tematiche, di grande spessore, come "Che succede all'Est?" (1990), "I dieci comandamenti all'italiana" (1991), (trasmissione che ricevette i complimenti di Giovanni Paolo II) "Una storia" (1992), (sulla lotta alla mafia). Segue attentamente le vicende di "Mani pulite", con programmi come "Processo al processo su Tangentopoli", (1993) e "Le inchieste di Enzo Biagi" (1993-1994).

Nel 1995 iniziò la trasmissione Il Fatto, un programma di approfondimento dopo il Tg1 sui principali fatti del giorno, di cui Biagi era autore e conduttore. Nel 2004 Il Fatto, che mediamente era seguito da oltre 6.000.000 di telespettatori, fu nominato da una giuria di giornalisti il miglior programma giornalistico realizzato nei cinquant'anni della Rai. Famose resteranno le interviste a Marcello Mastroianni, a Sofia Loren, a Indro Montanelli e le due realizzate a Roberto Benigni, l'ultima delle quali nel 2001, in piena campagna elettorale: il comico toscano, inevitabilmente, parlò di Silvio Berlusconi e della sua candidatura, commentando a modo suo il conflitto d'interessi e il contratto con gli italiani. L'intervista scatenò roventi polemiche contro Benigni e contro Biagi. Il deputato di Alleanza Nazionale e futuro ministro delle comunicazioni, Maurizio Gasparri, parlando ad un'emittente lombarda, auspicò l'allontanamento dalla Rai dello stesso Biagi.

Il caso Biagi

Le trasmissioni del Fatto proseguirono regolarmente fino alla prima settimana di giugno quando terminò la stagione. La dirigenza Rai decise di cancellare il programma, dopo un lungo tira e molla cominciato già a gennaio, cioè prima dell'editto bulgaro, quando il direttore di Rai Uno, Agostino Saccà, si recò alla commissione parlamentare di vigilanza. Egli dichiarò che l'azienda doveva controbbattere Striscia la notizia e non poteva permetterselo con una trasmissione di cinque minuti che aveva conosciuto nell'ultimo periodo un calo di 3-4 punti di share. La dichirazione fu contestata dai commissari del centro-sinistra, durante l'audizione, perché i dati Auditel dichiaravano che il Fatto aveva uno share del 27,92% di media, quasi otto milioni di telespettatori, addirittura superiore alla quota dell'anno prima, che aveva una media del 26,22%.

In seguito, il 17 aprile, furono diffuse le nuove nomine della Rai. Rai Uno venne affidata a Fabrizio Del Noce, ex deputato di Forza Italia, che dichiarò che "stava studiando una soluzione idonea per il Fatto e per Enzo Biagi".

Successivamente, Saccà e Del Noce proposero a Biagi diverse soluzioni alternative per la collocazione del Fatto: alle 13:00, dopo il Tg1 delle 12:30 (ipotesi respinta da Biagi: "È troppo presto per approfondire adeguatamente i fatti del giorno"), poi alle 19:50 (ipotesi respinta anche questa: "Peggio della prima! È assurdo fare l'approfondimento prima della notizia").

Del Noce non confermò alla stampa la presenza del Fatto nei palinsesti, non ancora definitivi per la nuova stagione 2002-2003 e diffusi a maggio. Biagi scrisse al nuovo presidente della Rai, Antonio Baldassare, già membro della Corte Costituzionale, chiedendo spiegazioni sul suo futuro e se la Rai intendesse rinnovare il suo contratto in scadenza a dicembre. Baldassare, presentandosi ai telespettatori come "un punto di riferimento per la libertà dentro la Rai", rispose a Biagi che "è e rimarrà una risorsa per l'azienda", facendosi intervistare proprio al Fatto.

Un mese dopo, durante la tradizionale presentazione a Cannes dei palinsesti autunnali della Rai, il Fatto era assente. Alle domande dei giornalisti, la Rai rispose che "Biagi aveva perso appeal".

Il 2 luglio si tenne un incontro fra Enzo Biagi, il regista del Fatto Loris Mazzetti, Fabrizio Del Noce e Agostino Saccà, che era diventato nel frattempo direttore generale della Rai. In questo vertice si decise di sopprimere Il Fatto e di affidare a Biagi una trasmissione in prima serata, con inchieste e temi d'attualità. Inoltre si decise di rinnovare il contratto che legava Biagi alla Rai.

La bozza del contratto arrivò a Biagi solo il 18 settembre, dopo ripetute sollecitazioni da parte di quest'ultimo. Intanto Il Fatto era stato sostituto da un programma comico, con Tullio Solenghi e Massimo Lopez, "Max e Tux". Il nuovo programma precipitò ben presto dal 27 al 18% di share. Del Noce imputò a Biagi il crollo degli ascolti perché "col suo vittimismo ha scatenato verso Rai Uno un accanimento senza precedenti". Biagi decise di lasciare Rai Uno e intavolò, con la mediazione sempre di Loris Mazzetti, trattative con il direttore di Rai Tre, Paolo Ruffini, per riprodurre Il Fatto sulla sua rete alle 19:53, dopo il Tg3 e i telegiornali regionali. Alla diffusione della notizia, il presidente Rai Baldassarre dichiarò: "E' una bella notizia, ma troppo costosa per Rai Tre".

Il 20 settembre Biagi, in una lettera al direttore generale Saccà, scrisse che se la Rai aveva ancora bisogno di lui (come dichiarato dallo stesso dg) e se questo ostacolo era rappresentato da problemi economici, egli si dichiarava pronto a rinunciare al suo stipendio, accettando quello dell'ultimo giornalista della Rai, purché detto stipendio venisse inviato al parroco di Vidiciatico, un paesino sperduto nelle montagne bolognesi, che gestiva un ospizio per anziani rimasti soli.

Saccà replicò, con una lettera al quotidiano La Repubblica (che stava dando grande risalto alla vicenda), che il programma non poteva essere trasmesso per esigenze pubblicitarie.

Il 26 settembre Saccà inviò ad Enzo Biagi una raccomandata con ricevuta di ritorno, in cui gli spiegava, con toni formali, che Il Fatto era sospeso, così come le trattative fra lui e la Rai; si sarebbe trovato il tempo più in là per fare un nuovo programma, magari dai temi più leggeri.

Biagi, esausto per quell'interminabile tira e molla, offeso per i contenuti di quella raccomandata che secondo la sua interpretazione "lo cacciava ufficialmente dalla Rai", su consiglio delle figlie e di alcuni colleghi, decise di non rinnovare il contratto e di chiudere il legame fra Biagi e la Rai, con una transazione economica, curata dall'avvocato milanese, Salvatore Trifirò. La Rai riconobbe il lungo lavoro di Biagi "al servizio dell'azienda" e pretese che in cambio non lavorasse per nessun'altra rete nazionale per almeno due anni.

L'annuncio della chiusura del contratto provocò polemiche su tutti i giornali e attacchi durissimi ai dirigenti Rai, già sotto assedio per il crollo degli ascolti (che avevano provocato le dimissioni di tre dei cinque membri del Cda). Saccà e Baldassare dichiararono ai giornali che "Biagi non era stato mandato via", che quella era solo un'invenzione dei giornalisti, che Enzo Biagi era il presente, il passato e il futuro della Rai, che "la presenza di voci discordanti dall'attuale maggioranza, com'è appunto quella di Biagi, era fondamentale". Di fronte a queste levate di scudo, Biagi commentò con ironia: "Ma, se allora tutti mi volevano, chi mi ha mandato via?"

Poco dopo, il consigliere d'amministrazione di AN Marcello Veneziani, dichiarò che Biagi con "quella chiusura del contratto, aveva svenato l'azienda e quindi la smettesse di piagnucolare a destra e a sinistra". Biagi allora rese pubblico il suo contratto di chiusura. La sua liquidazione è la stessa cifra che, successivamente, un giudice stabilirà come risarcimento per Michele Santoro.

E' il 18 aprile del 2002 quando in una conferenza stampa a Sofia il presidente del consiglio Silvio Berlusconi, dice che la nuova Rai dovrà fare a meno di Enzo Biagi e con lui anche di Michele Santoro e Daniele Luttazzi. E' quello che presto viene chiamato "l'editto bulgaro", e che segna gli ultimi anni di vita del giornalista ma anche una pagina non ancora conclusa dello scontro politico del paese. Nel mirino del premier cade quello che chiama "l'uso criminoso" della tv pubblica e che a suo avviso non si dovrà ripetere.

"Vorrei sapere quale reato ho commesso: stupro, assassinio, rapina?" Chiede Biagi a caldo commentando in quel giorno le affermazioni di Silvio Berlusconi e aggiunge: "non sono certo un suo estimatore, ma non credo di aver fatto niente". In quel momento il giornalista firma una sua rubrica Il fatto, in onda dal 1995 su Raiuno subito dopo il Tg1 con grandi risultati di ascolto. Quella sera, in diretta, Biagi dice "Questa potrebbe essere l'ultima puntata del Fatto dopo 814 trasmissioni, ma non tocca a lei Berlusconi licenziarmi". E aggiunge: "Eventualmente è meglio essere cacciati per aver detto qualche verità, che restare a prezzo di certi patteggiamenti". Non sarà l'ultima puntata ma il programma non durerà ancora molto: il programma concluderà la sua storia il 31 maggio dello stesso anno.

Nel mirino di Berlusconi, che quando parla è stato eletto da poco, c'é in particolare la puntata in cui Biagi, in campagna elettorale, ha intervistato Roberto Benigni (era il 10 maggio del 2001) e il comico non ha risparmiato critiche all'allora leader dell'opposizione. "Ieri sera è stata una cosa terribile", commenta Berlusconi il giorno dopo. Per il leader del centrodestra, "la cosa più dura e inaccettabile" della sinistra "é che hanno utilizzato la televisione pubblica per imbastire dei linciaggi, dei processi in diretta".

Non lo dimentica dunque, ed appena eletto parla da Sofia. Poco dopo, in estate, inizia il balletto delle dichiarazioni dei nuovi vertici Rai: il presidente Antonio Baldassarre e il direttore generale Agostino Saccà, parlano subito di un difficile ritorno in quella fascia su Raiuno de Il fatto per problemi di concorrenza con Striscia la notizia e sostengono una diversa collocazione. Poi, in un clima di durissimo scontro politico, si parla di un contratto rinnovato per altri due anni e una serie di serate speciali, poi di un trasferimento su Raitre. Tutto questo balletto di dichiarazioni e smentite amareggia molto il giornalista - sempre difeso con forza dall'opposizione ma continuamente nel mirino della maggioranza di governo - che, in più di una occasione, chiede rispetto rivendicando la sua storia. Poi arriva la proposta Rai a dicembre del 2002: condurre Il fatto alle 18,53 su Raitre, Biagi rifiuta e chiude la sua vicenda con la tv pubblica.

Da allora il giornalista non compare in Rai che due sole volte. La prima è a Che tempo che fa, è il 22 maggio del 2005 e in diretta, con gli occhi lucidi dice: "Rifarei tutto come prima". Poi il 21 ottobre va come ospite a "Primo piano" per raccontarsi, e fa oltre due milioni di ascolto. Rifiuta invece di partecipare a Rockpolitik, dove lo invita Celentano per non tornare - scrive sul Corriere della sera - sulla rete ancora diretta da chi lo ha cacciato. Al suo posto una sedia vuota che è l'ultima, oggi emblematica, traccia televisiva di un grande giornalista. Tornerà in tv, non solo come ospite, nell'ultima stagione della sua vita: su Raitre con un programma di attualità. L'annuncio ancora una volta da Che tempo che fa: è il 10 dicembre del 2006 quando Biagi annuncia 'Torno in tv con un programma su Raitre'. Rt- Rotocalco televisivo, che avrà emblematicamente il titolo della sua prima trasmissione in Rai, andrà in onda dal 22 aprile del 2007 - a 5 anni esatti dall"edittò - , e partirà con una puntata altrettanto simbolicamente dedicata alla Resistenza.

Tornò in televisione, dopo due anni di silenzio, alla trasmissione Che tempo che fa intervistato per una ventina di minuti da Fabio Fazio. Il ritorno di Biagi in tv segnò ascolti record per Rai Tre (e per la stessa trasmissione di Fazio) e fece molto scalpore suscitando reazioni diverse nel Paese: il quotidiano La Repubblica titolò il giorno dopo: "Biagi di sera, bel tempo si spera" mentre il giornale Libero, insieme a politici di destra, accusarono Biagi di strumentalizzare la vicenda. Biagi è poi tornato altre due volte alla trasmissione di Fazio, testimoniando ogni volta il suo affetto per la Rai «la mia casa per quarant'anni» e la sua particolare vicinanza a Rai Tre. In una di queste interviste, commentando la grande confusione sul risultato delle elezioni dichiarò: «Ho capito una sola cosa: che nessuno vuol perdere!» che è diventato, di fatto, un tormentone. Biagi è successivamente intervenuto anche al Tg3 e in altri programmi della Rai. Invitato anche da Adriano Celentano nel suo Rock Politik in una puntata dedicata alla libertà di stampa assieme a Santoro, Biagi ha però declinato l'offerta per motivi di salute.

Negli ultimi anni ha scritto sul settimanale L'Espresso, sulla rivista Oggi e sul Corriere della Sera.

Nella sua ultima apparizione televisiva, Biagi ha affermato che il suo ritorno in Rai era molto vicino e, al termine della trasmissione, il direttore generale della Rai, Claudio Cappon, telefonando in diretta, ha annunciato che l'indomani stesso Biagi avrebbe firmato il contratto e sarebbe tornato alla Rai. Alla notizia, il pubblico in sala è esploso in un grande applauso.

Il 22 aprile 2007 è tornato in tv con "RT - Rotocalco Televisivo", aprendo la trasmissione dicendo: "Buonasera, scusate se sono un po' commosso e, magari, si vede. C'è stato qualche inconveniente tecnico e l'intervallo è durato cinque anni" e parlando di resistenza, di quella odierna di chi resiste alla camorra fino alla Resistenza con la R maiuscola, con interviste a chi l'ha vissuta in prima persona.

Non pochi anni prima era stato sottoposto ad un delicato intervento chirurgico durante il quale gli erano stati innestati ben quattro by-pass cardiaci: addirittura, ne prese spunto per una sua battuta scherzosa riferita all'Avv. Gianni Agnelli ("qualcosa più di lui ce l'ho sicuramente, un by-pass in più...").

Ricoverato per oltre dieci giorni in una clinica milanese, a causa di un edema polmonare e di sopraggiunti problemi renali e cardiaci, è morto all'età di 87 anni la mattina del 6 novembre 2007. Pochi giorni prima di morire sembra avesse detto ad un'infermiera, "Si sta come d'autunno \ sugli alberi \ le foglie", citando la poesia "Soldati" di Ungaretti, aggiungendo poi "ma tira un forte vento...", segno di una lucidità intellettuale davvero ammirevole per l'età e le condizioni fisiche.